As Unidades Científicas são estruturas coerentes sob o ponto de vista científico e tecnológico, dotadas de recursos humanos e técnicos destinados a cumprir os objetivos do IVAR e podem corresponder a grupos de investigação científica, núcleos laboratoriais ou equipas de projetos especiais. Presentemente, o IVAR inclui as seguintes unidades científicas:
Vulcanologia Física e Magmatismo
Neotectónica e Deformação Crustal
Geoquímica de Gases
Hidrogeologia e Geologia Ambiental
Movimentos de Vertente e Cheias
Riscos e Planeamento de Emergência
Geologia Médica